במסגרת חוק ההסדרים לשנת 1999 הוחלט על עידוד פרוייקטים להשבת קולחים וטיוב בארות, ביטול קרן האיזון לדמי מים, העברת הכספים שהצטברו בקרן להכנסות המדינה והטלת היטל הפקה. כמו כן, נקבעו מנגנונים להמשך תמיכה במפיקי מים פרטיים והוראות מעבר לגבי התקופה עד ההסדרה המלאה של זכויות והתחייבויות הקרן.

האגף מרכז את מתן המענקים לעידוד פרויקטים להשבת קולחין וטיוב בארות, ובנוסף מלווה את הפרויקטים, מסייע לקידומם ותומך במפיקי מים פרטיים שעלות המים שלהם גבוהה, באמצעות תקנות להענקות. כמו כן, מטפל האגף בהתחייבויות וזכויות קרן האיזון לדמי מים, אשר בוטלה במסגרת החלטות הממשלה בהצעת התקציב לשנת 1999, וגובה היטלי הפקה ותשלומים נוספים המשתלמים למדינה מכוח חוק המים.

   פיתוח מפעלי השבת קולחין

   נוהל סיוע להקמת מפעלי השבה