רשות המים הוקמה על בסיס נציבות המים ביום 1.1.2007.
נציבות המים הייתה אחראית על משק המים הארצי בעיקר מההיבט הפיזי. תפקידה העיקרי היה ניהול ושמירה על מקורות המים:
1. ניהול מקורות המים באמצעות ויסות ההפקה מהמאגרים על ידי הנחיות לתפעול והנפקת רישיונות הפקה ואספקה לכל ספקי המים.
2. תכנון מפעלים לייצור והולכת מים.
3. שמירה על משאבי המים באמצעות ניטור ודיגום.
4. ניהול שימושי המים לצרכנים השונים באמצעות הקצאות מים.
מטרת הקמת רשות המים הייתה ריכוז הסמכויות הניהוליות והרגולטוריות, אשר היו מצויות בידי גופים רבים, אצל גורם ממשלתי יחיד שיצויד ב"כלים" לנהל את משק המים בישראל, להסדירו ולפקח עליו בצורה מקצועית ויעילה. במסגרת זו הועברו לרשות המים הסמכויות שניתנו בחקיקה לרשות לשירותים ציבוריים מים וביוב, לשר האוצר, לשר הפנים, לשר לתשתיות לאומיות ולשר החקלאות בכל הקשור לקביעת תעריפי מים והיטלי הפקה (יש הוראת מעבר לגבי תעריפי המים לחקלאות לפיה ב - 5 השנים ראשונות נדרשת הסכמתם של שרי החקלאות, אוצר ותשתיות). ב 1 באוקטובר 2009 הועברו גם המינהל לפיתוח תשתיות ביוב במשרד התשתיות הלאומיות והממונה על התאגידים ומינהל המים ברשויות המקומיות במשרד הפנים. כיום, כל הסמכויות והגופים כבר נוספו לרשות המים ונעשית עבודה מקיפה לגיבוש המבנה הארגוני המיטבי.
להלן עיקרן של הסמכויות שנוספו לרשות המים ולמועצה העומדת בראשה:
1. קביעת היטלי הפקה ותעריפי מים וביוב לכל השימושים (חברת מקורות, רשויות מקומיות, תאגידי מים וביוב עירוניים).
2. קביעת אמות מידה לשירות לכל צרכני המים והביוב (לצרכני מקורות - רשויות מקומיות, תאגידים עירונים ואגודות חקלאיות ולצרכנים סופיים).
3. אסדרת משק המים והפיקוח עליו, לרבות פיקוח על מפיקי וספקי מים באמצעות קביעת כללי רגולציה.
מנהלי רשות המים של ישראל לאורך השנים:
| כיום |
אלכסנדר קושניר |
| 03/2011-09/2011 |
עודד פיקסלר |
| 01/2007-02/2011 |
פרופ' אורי שני |
| 1/01/2007 |
הקמת רשות המים |
נציבי המים של ישראל לאורך השנים:
| 6/12/2006-31/12/2006 |
פרופ' אורי שני |
| 1/07/2006-5/12/2006 |
דוד ירוסלביץ' |
| 2000-30/06/2006 |
שמעון טל |
| 2000 |
יעקב אפרתי (מ"מ) |
| 1996-2000 |
מאיר בן מאיר |
| 1992-1996 |
גדעון צור ז"ל |
| 1991-1992 |
פרופ' דן זסלבסקי |
| 1981-1991 |
צמח ישי |
| 1977-1981 |
מאיר בן מאיר |
| 1959-1977 |
מנחם קנטור ז"ל |
| 1959 |
צבי נוימן (לתקופה של מספר חודשים) |