יחידת המחקריםיחידת המחקרים ברשות המים אחראית על ייזום, בחינה ובקרה של מחקרים וסקרים בתחומי משק המים. יחידת המחקרים ממנה ועדות שיפוט מקצועיות ורפרנטים, מלווה את שלבי המחקר השונים ומרכזת את דוחות המחקר אשר מוגשים ע"י החוקרים.תוצאות המחקרים מרוכזות בארכיון אגף המחקרים, מופצות באתר רשות המים ונשלחות לספריות של מוסדות המחקר.בכל שנה מקיימת יחידת המחקרים יום עיון פומבי בו מוצגים המחקרים שהסתיימו באותה שנה וכן מוצגים פוסטרים מעבודות נבחרות של סטודנטים אשר זכו למלגות מאת רשות המים.רשות המים משתפת פעולה עם גופים נוספים כגון משרד החקלאות וקק"ל למטרת מימון מחקרים בתחומי הקולחין, מים וקרקע ושותפה בועדות מחקר ממשלתיות כגון הועדה לפיתוח טכנולוגיות מים במשרד התמ"ת.
מחקריםרשות המים תומכת בנושאי מחקר רבים ומגוונים כגון הידרולוגיה, איכות מים, הגברת המטר, כנרת, התפלה, בטחון מים, ייעול השימוש במים וכלכלה. להלן מחקרים שהתבצעו עד כה בחלוקה לפי שנים (השיוך של כל דוח או מחקר מתבצע ע"פ השנה שבה יצא הקול הקורא למחקר).