קרן השיקום למערכות מים ברשויות המקומיות הוקמה בשנת 1987 על מנת לקדם שיקום ושידרוג רשתות מים עירוניות. תקציבי הקרן, בצרוף תקציבים עצמיים של הרשויות המקומיות ותקציבי פיתוח של משרד הפנים, הביאו לשיפור מהפכני ברמת ההשקעות ובאיכות רשתות המים וכן לצמצום משמעותי של אובדני המים בדליפה. מאז הקמתה, השקיעה הקרן כשני מיליארד ש"ח בתשתיות המים ברשויות המקומיות ותרמה, כאמור, להורדת פחת המים ולתפעול מיטבי של מערכות המים העירוניות. הקרן סייעה להחלפת אלפי ק"מ של צנרת מים, הקמת תחנות שאיבה ובריכות אגירה, הכנת תוכניות אב לכל רשות, הקמת מערכות פיקוד ובקרה, הקמת מערכות GIS (מערכת מידע גיאוגרפי), קידום הרמה המקצועית של עובדי המים, מיגון מתקני מים ועוד.
מקורם של כספי הקרן בהפרשות ייעודיות שנגבו ע"י הרשויות המקומיות מצרכני המים על פי התעריפים שנקבעו בתקנות המים. הקצאת כספי הקרן נעשתה על פי קריטריונים הנדסיים ונוספים שנקבעו ע"י הנהלת הקרן.
הנהלת הקרן מנתה 10 חברים - 5 נציגי ממשלה, 4 נציגי מרכז השלטון המקומי ונציג המועצות האזוריות. מינהל המים של משרד הפנים שימש כזרוע המבצעת של פעילות קרן השיקום על פי הנחיות הנהלת הקרן.
החל משנת 2007 ועד סגירתה בתחילת שנת 2010, גבתה הקרן כספים גם עבור שיקום תשתיות הביוב והקצתה כ - 90 מליון ש"ח למטרה זו.