בהמשך להקמת רשות המים, החל תהליך לגיבוש מבנה ארגוני מתאים. תהליך גיבוש המבנה החל בשנת 2007 וצפוי להסתיים במהלך שנת 2011. המבנה החדש המגובש בתקופה האחרונה נובע מתוך הצורך בריכוז הסמכויות ואחריות כוללת לניהול משק המים בישראל כמו גם יצירת שליטה, בקרה והגנה ברמת השטח על מקורות המים של מדינת ישראל.
המבנה הארגוני המתגבש בימים אלה נבנה על פי שלבי העבודה הבאים:
• גיבוש והטמעת החזון, מטרות ויעדי רשות המים, בהתבסס על קביעת מדיניות פיתוח ותפעול עתידי של משק המים, צרכי המשק, ומקורות המים הקיימים והעתידים לעמוד לרשותו.
• בחינת המצב הקיים של משק המים באמצעות זיהוי פערים, כפילויות ואי התאמה למשימות שהוגדרו, העלולים לפגוע ביעילות התפקודית של רשות המים.
• קביעת תפקידי היחידות השונות באמצעות הגדרת המשימות והתוצרים הנדרשים בכל אחת מהיחידות הארגוניות והגדרת כלל המשימות החדשות והעתידיות הנגזרות לרשות וחלוקתן ליחידות האמונות על ביצוען במסגרת הארגון.
• הגדרת תהליכי ליבה עיקריים באמצעות עיצוב תהליכים מרכזיים שיהוו את הבסיס לפעילותה של הרשות והנדרשים כחלק מהאחריות והפעילות הכוללת שלה כרגולאטור של משק המים. כל זאת בנוסף לניתוח תהליכים מקצועיים הנגזרים מתהליכי הליבה – אכיפה, פיקוח וזרימת מידע.
• קביעת המבנה הארגוני באמצעות הגדרת השיקולים בקביעת המבנה, ביצוע המבנה הארגוני לגבי כל יחידת מטה/חטיבה עד לרמת הפרט ופרוט כוח האדם של רשות המים כולל תאור התפקיד וקביעת רמת המשרה.
רשות המים - תרשים מבנה ארגוני