יותר ממחצית מצריכת המים בישראל מיועדת לחקלאות.

בשנת 2005 עמדה צריכת המים לחקלאות על 1,221.5 מלמ"ק, אשר מתוכם 543.8 מלמ"ק מים שפירים ו-582.7 מלמ"ק מים שוליים. צריכת החקלאות בשנה זו מהווה כ 62% מצריכת המים הכללית בישראל.

הממשלה היא הקובעת את הקצאות המים לחקלאות.

בהתאם להחלטת הממשלה, המים לצריכה חקלאית בארץ מוקצים הן לחקלאות הפרטית והן לחקלאות המתוכננת (בקיבוצים ובמושבים). הקצאת המים לחקלאות הפרטית החלה עם  חקיקת חוק המים ותקנות הקיצוב שהותקנו על פיו. נקבעו נורמות לכמויות השימוש במים לגידולים השונים, ומכפלת הנורמות בשטח הגידולים קבעה את גובה מכסת המים לחקלאי.

ב-1986 החלה המדינה לקצץ בהקצאות המים.

התפתחות המשק החקלאי וכן המחסור במים הכתיבו שינויים ועדכונים בהקצאת המים לחקלאות. נערך קיצוץ בהקצאות, ובעיקר בהקצאות המים המגיעים ממערכת הארצית התלת אגנית – כינרת, אקוות (אקוויפר) החוף, אקוות ירקון תנינים והמקורות המזינים אותם.

אחת הבעיות היא שבישראל, כמו במדינות רבות בעולם, מסובסדת החקלאות באמצעות מים.

לו הייתה המדינה מסבסדת חקלאים לפי אזור או לפי סוג הגידול, ייתכן שזה היה מטיב עם משק המים. חקלאי היה זוכה, למשל, להנחה בתשלום הארנונה, אך משלם על המים תשלום מלא. הוא ודאי היה מעדיף לוותר על גידולים אשר עלויות ההשקיה שלהם גבוהות ואינן כדאיות, וכך חוסך למשק כמויות מים גדולות.

החל משנת 1999, בה החלה תקופת הבצורת האחרונה, הקיצוץ במים נעשה בהתאם להרכב הגידולים של כל משק חקלאי.

לפי החלטת משרד החקלאות, הקיצוץ נע בין 20% ל-70% מהקצאת הבסיס. על מנת למזער את נזקי הקיצוץ, נקבעו שיעורי הקיצוץ בהתאם לגידולים השונים. קיצוץ מינימלי חל על גידולים רב שנתיים (מטעים) ועל גידולים עתירי השקעה (חממות) וקיצוץ מקסימלי נקבע לגידולי כותנה וגידולי שדה.

שיעורי הקיצוץ לגידולים השונים כפי שנקבעו לשנת 2001: בעלי חיים 0%, חממות ופרחים 30%, בעלי חיים לפיטום ומטעים, הדרים וחממות ירקות 35%, פרחים ובתי רשת 40%, בננות ומדגה 50%, ירקות 70%, מספוא 75%, גידולי שדה 100%. שיעור הקיצוץ לכל צרכן וצרכן נגזר משקלול שיעורי הקיצוץ לסל הגידולים שלו.