הוקמה ב- 1998, ומרכזת את מערכי הניטור, הפיקוח והממשק למניעת זיהום בכנרת ובאגן ההיקוות שלה. מרכזת את המידע ממערכי הניטור והפיקוח, אחראית להעברת המידע ויצירת אינטגרציה בין גופי הניטור והפיקוח. כל זאת בליווי צוות היגוי המורכב ממומחים שונים בתחומי המים.

יעדי יחידת ניטור כנרת הינם:

1. ריכוז מערך הניטור בכנרת ובאגן ההיקוות, כולל איסוף נתוני הניטור והעברתם לבסיס הנתונים הלאומי של הכנרת ברשות המים.
2. ריכוז מערך הפיקוח בכנרת ובאגן ההיקוות, כולל מעקב אחר תיקון הכשלים במניעת זיהום הכנרת.
3. ריכוז מערך הממשק למניעת זיהום  (ממשק דייג, ממשק חקלאות מונע, ממשק מיטבי של גופי המים בעמק החולה, ניצול הקולחים להשקיה, ניקוז אגני לשיכוך שיטפונות ומניעת סחף ועוד).
4. יצירת מערכת אינטגרטיבית הכוללת את גופי הניטור, הפיקוח והממשק המביאה לתאום בין הגופים השונים, מאפשרת קבלת החלטות תפעוליות ומבקרת את ביצוען.
5. קישור בין המערכת המנהלת את משק המים על כל מרכיביה לבין המערכות המקומיות באגן הכנרת.

 הכנרת

 ניטור הכנרת